En algunos casos particulares, el proceso de marcación se deberá completar  editando directamente el archivo XML generado, entre los cuales tenemos:

Afiliación con más de una institución: El programa Markup no marca afiliaciones con más de una institución. En este caso, los datos se incluirán directamente en el archivo .xml.  Ver

Identificación de archivos multimedia: El markup tiene la posibilidad de identificar archivos como videos, audios, animaciones. Ver

Identificación de sublistas: El programa Markup no identifica las sublistas, por lo que es necesario usar un editor XML para ajustar los elementos de la sublista. Ver

Subtítulos traducidos: El programa markup no identifica figuras o tablas con subtítulos traducidos, para realizar este marcado es necesario incluirlo directamente en el XML. Ver

Autores sin etiqueta o label: Algunos autores no tienen una etiqueta de autor y/o afiliación, para realizar la identificación correcta es necesario editar directamente el XML. Ver